Am biochemischen Institut der Gruppe von Prof. Andreas Plückthun setzten Patrick Forrer und sein Team den Grundstein für Molecular Partners. In Plückthuns Team wurden die Designed Ankyrin Repeat Proteins (DARPins) entwickelt. Hierbei handelt es sich um künstliche Proteine, die zur Erkennung und Bindung von Antigenen fähig sind. Die Gründung des Unternehmens erfolgte 2004. Seit 2014 ist das UZH Spin-Off an der Schweizer Börse SIX kotiert.